まず、大きいポップアップ小さいポップアップ両方出したい場合は、CTI右上にある「接続」をクリックし「着信表示制御」を「ポップアップ」にします。 ※デフォルトはこのように着信表示が「ポップアップ」になっている状態です。
次に小さいポップアップだけ出したい場合は「着信表示制御」を「なし」にします。 CTI右上にある「接続」>「着信表示制御」をクリックし、「ポップアップ」のところをクリックすると「なし」に変更できます。 
こちらは裏技ですが、
ポップアップをそもそも出したくない場合、着信履歴だけ表示させたい場合は、 「接続」>「接続（電話機）」をクリックし左下にある「ポップアップ限定」のところに「100」といれます。
実際の運用に合わせて、使いやすい設定しておくと日々の対応がよりスムーズになります。 必要に応じて、設定を見直してみてください。
